换一批
换一批蒙古沙冬青保守microRNAs的鉴定及靶基因预测
Identification and target prediction of conserved microRNAs in Ammopiptanthus mongolicus
摘要蒙古沙冬青(Ammopiptanthus mongolicus)是生长在荒漠中的木本植物,对于我国西北部干旱、半干旱区域的植被维护与恢复具有重要价值。蒙古沙冬青对干旱、低温等多种逆境具有较高的耐受性,是研究林木耐受逆境生理与分子机制的合适材料。MicroRNA(miRNA)是一类长度约为21个核苷酸的内源性非编码小分子RNA,在植物生长发育和逆境应答等生物学过程中发挥着重要的调控作用。目前,许多植物物种的miRNAs已经获得鉴定,但未见蒙古沙冬青miRNAs的相关报道。文章应用高通量测序和生物信息学分析方法对蒙古沙冬青幼苗保守miRNAs的类型、表达丰度以及靶基因进行了分析和预测。共鉴定了10个家族的19种保守miRNAs,其表达丰度介于55~1920269个拷贝之间。通过在线软件psRNATarget预测了其中14个保守miRNAs的靶基因。对于这些靶基因的功能分析表明,蒙古沙冬青的保守 miRNA 主要通过转录调控、激素信号途径、物质代谢和胁迫应答等生物学过程参与植物生长发育和环境响应。
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关键词
蒙古沙冬青microRNAs高通量测序靶基因预测Ammopiptanthus mongolicusmicroRNAsdeep sequencing technologytarget prediction
DOI
10.3724/SP.J.1005.2014.0485
发布时间
2014-05-28
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