桃WRKY基因家族全基因组鉴定和表达分析

Genome-wide identification and expression analysis of the WRKY gene family in peach

二维码有效期 120s

摘要WRKY转录因子是植物中最大的转录调控家族之一,在生物和非生物胁迫以及植物生长和发育过程中起着重要调控作用.本文利用HMMER 3.0软件,使用WRKY保守域全蛋白序列(Pfam数据库编号:PF03106)鉴定桃(Prunus persica L.)基因组中的WRKY基因;利用DNAMAN 5.0、WebLogo 3、MEGA5.1、MapInspect和MEME等软件对其蛋白序列进行生物信息学分析.本文共鉴定得到61个桃WRKY基因.进化树分析结果显示,桃WRKY蛋白分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ类型,类型Ⅰ分为Ⅰ-C亚组和Ⅰ-N亚组,类型Ⅱ分为Ⅱ-a、Ⅱ-b、Ⅱ-c、Ⅱ-d和Ⅱ-e亚组.WRKY结构域分析显示,WRKY结构域高度保守,绝大多数都含有WRKYGQK七肽和锌指结构.染色体定位分析显示,桃WRKY基因分布于8条染色体中,呈不均匀分布.内含子和外显子结构分析表明,WRKY基因结构进化高度保守.保守元件分析表明,桃WRKY基因家族包含5个保守元件,元件1、2和3为WRKY盒,元件4、5为未知盒.桃WRKY基因家族都包含有WRKY盒,类型Ⅰ中含有2个WRKY盒;Ⅱ-d亚组中含有未知元件5.半定量和荧光定量PCR结果显示,16个WRKY基因均在桃的根、茎、叶、花和果中表达,但其相对表达水平不同.

作者谷彦冰 ^[1] 冀志蕊 ^[1] 迟福梅 ^[1] 乔壮 ^[1] 徐成楠 ^[1] 张俊祥 ^[1] 周宗山 ^[1] 董庆龙 ^[1] 学术成果认领

作者单位中国农业科学院果树研究所,兴城,125100 ^[1]

关键词桃 WRKY 转录因子基因家族表达分析 peach WRKY transcription factor expression analysis gene family

主题词桃(Prunus persica)基因(Genes)基因组(Genome)转录因子(Transcription Factors)蛋白(Egg White)

栏目名称 研究报告

DOI 10.16288/j.yczz.15-235

发布时间 2016-05-09

基金项目

国家自然科学基金项目 农业部公益性行业项目(编号:201203034)资助[Supported by the National Natural ScienceFoundation of China Special Fund for Agro-scientific Research in the Public Interest (No. 201203034)]