摘要在畜禽资源保护中,群体遗传多样性和遗传结构是决定保种效果的重要因素.本研究采用全基因组重测序技术检测 100 头秦川牛(30 头公牛、70 头母牛)的基因组变异,通过分析群体遗传多样性、连续纯合片段(runs of homozygosity,ROH)分布特征、亲缘关系和家系结构,对秦川牛的保种效果进行了综合评估.结果显示,100头秦川牛共检测到 20,968,017 个高质量SNPs位点,平均最小等位基因频率为 0.191±0.124,平均多态信息含量为 0.279±0.131,平均观察杂合度为 0.275±0.131,平均期望杂合度为 0.279±0.131,表明秦川保种群遗传多样性较为丰富.秦川牛保种群体平均状态同源(identity by state,IBS)遗传距离为0.243±0.020,其中公牛为0.242±0.021,亲缘关系 G 矩阵结果与 IBS 距离矩阵结果一致,均显示秦川牛保种群部分个体间亲缘关系较近.100 头秦川牛个体共检测到 8258 个基因组ROH,ROH总长度为 9.64 GB,平均ROH长度为 1.167±1.203 Mb,69.35%的 ROH 是长度为 0.5～1 Mb 的短 ROH.个体平均 ROH 总长度为 96.40 Mb.基于 ROH 的平均近交系数为0.039±0.039,其中30头秦川公牛的平均近交系数为0.044±0.035,表明部分公牛个体存在一定程度的近交积累.进化树结果显示,秦川牛保种群所测个体可分为 8 个家系,包括 7 个含公牛家系和 1 个不含公牛家系.本研究表明,秦川牛保种群的遗传多样性较为丰富,未出现较大程度近交积累,但部分个体间存在近交风险,应强化选配以确保秦川牛资源的可持续发展.