摘要由严重急性呼吸综合征冠状病毒2(severe acute respiratory syndrome coronavirus 2,SARS-CoV-2)引起的2019冠状病毒病(coronavirus disease 2019,COVID-19)大流行给人类生命安全和全球经济造成了巨大冲击.SARS-CoV-2基因组的快速变异引起了广泛关注,基因组中几乎每个位点都发生过单核苷酸变异(single nucleotide variants,SNVs),其中刺突蛋白上的变异在病毒的适应性进化和传播中起着尤为关键的作用.本文综述了 SARS-CoV-2及非人类动物中相关冠状病毒的系统发生关系,井深入分析了 SARS-CoV-2的谱系划分以及关键氨基酸变异对病毒生物学特性的影响.此外,本文还概述了当前面临的挑战,并展望了深度突变扫描(deep mutational scanning,DMS)结合人工智能方法在预测新冠病毒变异株流行趋势中的广阔应用前景.
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