换一批摘要由于伪狂犬病病毒(PRV)中G+C含量高达74%,至今尚没有一个毒株完成全基因组测序.对已知的68个PRV基因编码区序列碱基组成及密码子使用现象进行了统计分析,结果发现PRV基因中存在非常强的密码子使用偏差.所有68个PRV基因编码区密码子第三位总的G+C含量为96.24%,其中UL48基因高达99.52%.PRV基因偏向于使用富含GC的密码子,特别是以C或G结尾的密码子.此外,还发现PRV中G+C含量变化较大的UL48、UL40、UL14和IE180等基因附近正好与已知的PRV基因组复制起始区相对应.根据基因功能将PRV基因分为6类进行分析发现,基因功能相同或相近的基因其密码子使用模式相似,其中调节基因的同义密码子相对使用度(RSCU)与其他基因有显著差异,在调节基因中以C结尾的密码子的RSCU值远大于其他同义密码子.最后,对PRV基因氨基酸组成差异进行多元分析,发现不同功能的PRV基因在对应分析图上分布不同,表明PRV基因密码子使用模式可能与基因功能相关.
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关键词
伪狂犬病病毒G+C含量同义密码子相对使用度(RSCU)偏差调节基因pseudorabies virus (PRV)G+C contentrelative synonymous codon usage RSCUbiasregulatory gene
分类号
Q933（微生物学遗传学）
栏目名称
发布时间
2005-07-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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