换一批嗜热泉生古细菌及其他泉古菌同义密码子使用偏向性分析
Analysis of Synonymous Codon Usage in Aeropyrum pernix K1 and Other Crenarchaeota Microorganisms
摘要比较分析了嗜热泉生古细菌(Aeropyrum pernix K1)和其他两种系统发育相关的泉古菌[嗜气菌(Pyrobaculum aerophilum str.IM2)和嗜硫菌(Sulfolobus acidocaldarius DSM 639)]的同义密码子使用偏向性.结果表明嗜热泉生古细菌(Aeropyrumpernix K1)的密码子偏向性很小,并且与GC3s成高度的相关性.这3种泉古菌的密码子使用模式在进化上很保守.与基因的功能对密码子使用的影响相比,这些泉古菌密码子的使用偏向性更是由其物种所决定的.嗜热泉生古细菌(A.pernix K1),嗜气菌(P. aerophilum str.IM2)和嗜硫菌(S. acidocaldarius DSM 639)生存在不同的极限环境中.推测正是这些极限环境决定了这些泉古菌的密码子使用偏向性模式.此外在这些泉古菌的基因组中并没有发现其正义链和反义链的密码子使用偏向性差别.嗜热泉生古细菌(A.pernix K1)和嗜硫菌(S. acidocaldarius DSM 639)的密码子偏向性程度与基因表达水平有高度的相关性,而嗜气菌(P.aerophilum str.IM2)的基因组并没有发现这种规律.
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关键词
密码子使用偏向性密码子使用相对概率(RSCU)嗜热泉生古细菌(Aeropyrum pernix K1)codon usage biasrelative synonymous codon usage (RSCU)Aeropyrumpernix K1
分类号
Q93（微生物学）
栏目名称
发布时间
2007-04-18（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（60121101）
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