换一批基于eQTL定位筛选乳腺癌免疫相关标志物:孟德尔随机化与转录组学研究
Identification of immune-related markers of breast cancer based on eQTL localization:a Mendelian randomization and transcriptomics study
摘要目的 通过表达数量性状位点(eQTL)定位筛选乳腺癌免疫相关分子标志物,旨在为乳腺癌的诊断和治疗寻找潜在靶标.方法 对来自GEO数据库的3个乳腺癌数据集进行系统分析,利用eQTL分析确定工具变量(IVs),利用公开的乳腺癌全基因组关联(GWAS)数据进行孟德尔随机化(MR)分析,得到与MR相关的基因并通过OR值确定基因的风险程度,与GEO数据集中识别的差异表达基因(DEGs)取交集得到疾病的关键基因.然后对关键基因进行GO、KEGG、GSEA富集分析和免疫细胞浸润及基因免疫相关性分析,进一步分析关键基因在乳腺癌中的作用.最后使用独立的GEO数据集和TCGA数据进行验证.结果 通过差异分析得到307个上调基因,440个下调基因.利用MR分析和DEGs交叉共得到9个疾病的关键基因(PARP 1、MUC1、LILRB2、TNNT1、CTNNAL1、DNASE 1L3、HOXA9、PIK3R1、SLPI),这些基因参与了乳腺癌发生发展过程中的B细胞受体、细胞凋亡等信号通路.根据CIBER-SORT分析得出,乳腺癌中CD4+T细胞浸润显著下降,MO巨噬细胞浸润显著上升,且关键基因与na?ve B以及记忆B细胞之间存在负调控关系,与M0巨噬细胞及调节T细胞等存在正调控关系,表明关键基因与乳腺癌细胞免疫的关系密切.结论 筛选出来的关键基因尤其是DNASE1L3与乳腺癌的免疫进程密切关联,未来可能会成为乳腺癌免疫治疗的理想靶标.
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关键词
表达数量性状位点定位乳腺癌孟德尔随机化肿瘤免疫生物标志物expression quantitative trait loci(eQTL)localizationbreast cancerMendelian randomization(MR)tumor immunitybiomarker
分类号
R734.2（呼吸系肿瘤）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1003-1383.2025.02.002
发布时间
2025-04-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（82160044）
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