基于TCGA数据库分析COL11A1基因在乳腺癌中的表达特征及调控机制
Analysis of the Expression Characteristics and Regulation Mechanism of COL11A1 Gene in Breast Cancer Based on TCGA Data
摘要目的 基于癌症基因组图谱(TCGA)数据库分析胶原蛋白Ⅺ型α1链(COL11A1)在乳腺癌中的表达特征及调控机制.方法 从基因组数据共享中心-癌症基因组图谱(GDC-TCGA)乳腺癌(BRCA)数据库获取1 097例患者乳腺癌组织及114例配对癌旁组织(正常组织)的RNA测序(RNA-Seq)数据及患者临床信息,分析COL11A1在不同乳腺癌亚型中的表达特征,以及COL11A1表达与乳腺癌患者无复发生存期(RFS)的相关性.根据COL11A1表达水平将500例乳腺癌患者(源于MET.500数据集)分为两组,进行病理特征的相关性分析.对COL11A1-EMT调控轴进行功能富集分析.结果 GDC-TCGA-BRCA数据显示,肿瘤组织中的COL11A1表达显著升高(P<0.05).COL11A1表达水平在不同分子亚型间存在显著差异,与癌旁组织相比,Luminal 型和人表皮生长因子受体2(HER2)阳性亚型的 COL11A1表达均显著上调(P<0.05),而三阴性乳腺癌未见显著变化.MET500独立队列验证HER2阳性亚型的表达,结果显示ERBB2扩增样本的COL11A1表达显著高于无扩增样本(P<0.05).Kaplan-Meier生存分析结果显示,在HER2阳性乳腺癌患者中,COL11A1高表达与RFS缩短显著相关(P<0.05).COL11A1低表达组分子分型为Luminal A、Luminal B、HER2-enriched及淋巴结转移分期为N0、N2、N3 的患者例数低于COL11A1 高表达组,分子分型为Basal-like、Normal-like及淋巴结转移分期N1的患者例数高于COL11A1高表达组,差异有统计学意义(P<0.05).Hallmark通路GSEA结果显示,高表达的COL11A1富集于上皮间质转化(EMT)及细胞周期通路(G2M检查点、E2F靶基因).EMT表现为显著的正向富集(NES=2.38,FDR<0.001),是COL11A1高表达相关的核心通路,其富集峰位于基因排序顶端(前10%区域).结论 COL11A1可能参与乳腺癌的发生与进展,通过激活EMT增强HER2阳性乳腺癌的侵袭、转移能力,可作为乳腺癌预后的预测生物标志物及治疗干预靶点.
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