换一批高黎贡牛樟芝线粒体全基因组特征及系统发育分析
Mitochondrial Genome Characterization and Phylogenetic Analysis of Taiwanofungus gaoligongensis
摘要为了解高黎贡牛樟芝线粒体基因组的特征及系统发育,本研究利用高通量测序技术对高黎贡牛樟芝线粒体基因组进行测序组装、注释并对其组成特征与其他多孔菌目真菌的线粒体基因组进行比较分析.结果显示:(1)获得完整的高黎贡牛樟芝线粒体基因组,其大小为 110713 bp.共编码 82 个基因(53 个蛋白编码基因、27个tRNA基因、2 个rRNA基因),有较为显著的A-T偏好.(2)与 11 个近缘物种线粒体基因组共线性分析,发现高黎贡牛樟芝线粒体基因组与其他线粒体基因组有 32 个同源区域,同源区域的相对位置在多孔菌目种间变化很大,在进化过程中发生频繁的基因重排.(3)选择压力分析显示,15 个核心编码基因的Ka/Ks<1,各物种在氨基酸水平上纯化选择起主导作用;系统发育分析表明,高黎贡牛樟芝线粒体基因组与台湾牛樟芝关系最近,形成独立分支.结果表明:高黎贡牛樟芝线粒体基因组与台湾牛樟芝线粒体基因组相比基因顺序没有发生变化,但存在一段 4209 bp的片段缺失,该分析支持高黎贡牛樟芝成为一个独立新种.
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关键词
高黎贡牛樟芝线粒体基因组比较基因组三代测序Taiwanofungus gaoligongensismitochondrial genomecomparative genomesthird generation sequencing
DOI
10.16473/j.cnki.xblykx1972.2024.03.001
发布时间
2024-07-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
云南省基础研究项目（202401AS070043）
国家自然科学基金（32160736）
国家自然科学基金（31860177）
云南省真菌多样性与绿色发展重点实验室开放课题（E03A311261-3）
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