换一批广西莪术EST-SSR标记开发及其在遗传多样性分析中的应用
Development of EST-SSR markers and its application in genetic diversity analysis in Curcama kwangsinesis
摘要目的:分析姜黄表达序列标签(EST)中简单重复序列(SSR)位点的分布特点,开发近缘种广西莪术EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于进行广西莪术遗传多样性分析及分子育种的可行性.方法:下载NCBI中公布的姜黄EST 12 678条,利用SSR-FINDER搜索SSR位点,筛选符合条件的序列,采用Primer 5.0设计SSR引物,挑选30个表现型差异较大的广西莪术种质进行引物有效性及多态性检测,对50份广西莪术种质进行遗传多样性分析.结果:12 678条EST序列含有SSR位点1 243个,其中二核苷酸出现频率为50.36％,三核苷酸31.54％,四核苷酸10.30％,以AT/TA和CT/GA出现频率最高.利用Primer 5.0设计引物共325对,聚合酶链式反应(PCR)检测表明,104对引物可以扩增出理想PCR产物,在至少30份不同种质广西莪术中检测到48对SSR引物具有多态性,占设计引物的38.09％.遗传多样性分析研究,聚类分析结果表明50份广西莪术种质在相关系数0.7处,聚类为2类,遗传相似性系数变化范围较窄.结论:姜黄EST资源中含有高频率的SSR位点,且EST-SSR标记开发效率较高.本研究开发了48对广西莪术EST-SSR标记,并筛选出富含SSR位点的候选序列,用聚类图验证了植物之间的亲缘关系,为广西莪术遗传多样性分析和分子育种研究提供参考.
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关键词
广西莪术姜黄表达序列标签-简单重复序列引物开发特异引物标记技术分子标记体系微卫星序列遗传多样性分析Curcama kwangsinesisCurcuma longaEST-SSRprimers developedspecial primer marking technologymarker systemmicrosatellite sequencegenetic diversity analysis
分类号
R917（药物分析）
栏目名称
DOI
10.16155/j.0254-1793.2017.12.26
发布时间
2018-01-29（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（81160500）
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