基于蛋白的宫颈癌相关基因生物信息学分析

Protein-based Bioinformatics Analysis of Cervical Cancer Related Genes

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摘要目的/意义运用生物信息学方法挖掘与宫颈癌相关的基因,探讨与HPV E6/E7密切相关差异表达基因的特征及临床意义.方法/过程以UCSC的TCGA和GTEx中宫颈癌的宫颈组织及临床信息作为训练集.以GEO中与宫颈癌相关的表达谱芯片GSE63514作为验证集.首先,使用R软件limma包筛选肿瘤和正常样本的DEGs,制作与MigDB中E6/E7蛋白相关基因的韦恩图.利用survival包进行生存分析,通过ROC和蛋白表达水平进行验证.其次,通过拷贝数变异和甲基化相关性得到关键基因.最后,构建特异性共表达网络并进行富集分析和免疫浸润分析.结果/结论与HPV E6/E7蛋白相关的差异表达基因有101个,经筛选有3个基因意义显著,分别是E2F1、MCM4和PCNA.同时,经通路分析后发现特异性共表达网络中的基因显著富集在DNA复制、染色体组织等通路.通过免疫相关性分析发现关键基因与CD4 T细胞、B细胞和中性粒细胞显著相关.DNA复制、染色体组织等为宫颈鳞癌发生发展以及HPV E6/E7编码蛋白显著相关的分子机制和关键基因.

作者程灵婧 ^[1] 李贺同 ^[2] 张升校 ^[3] 刘鸿齐 ^[4] 于琦 ^[5] 郑超越 ^[1] 冯爽 ^[6] 孔腾 ^[1] 孙翔飞 ^[1] 贺培凤 ^[7] 吕小萍 ^[1] 学术成果认领

作者单位山西医科大学管理学院太原 030001 ^[1] 山西医科大学第二医院妇产科太原 030001 ^[2] 山西医科大学第二医院风湿免疫科太原 030001 ^[3] 山西医科大学第二医院信息管理处太原 030001 ^[4] 山西医科大学管理学院太原 030001;山西医科大学医学数据科学研究院太原 030001 ^[5] 山西医科大学人文学院太原 030001 ^[6] 山西医科大学医学数据科学研究院太原 030001 ^[7]

关键词宫颈癌宫颈组织差异基因 HPV E6/E7编码蛋白 cervical cancer cervical tissue differentially expressed genes HPV E6/E7 encoded protein

分类号 R-058

栏目名称 医学信息研究

DOI 10.3969/j.issn.1673-6036.2023.12.008

发布时间 2024-01-30

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