换一批转录组测序筛选口腔鳞状细胞癌中差异表达环状RNA
Transcriptome Sequencing in Screening Differentially Expressed Circular RNAs in Oral Squamous Cell Carcinoma
摘要目的 利用转录组测序技术对口腔鳞状细胞癌(OSCC)组织进行测序,筛选OSCC中差异表达的环状RNA(circRNA),并探讨可能与OSCC相关的信号通路.方法 收集3对OSCC患者的癌及癌旁正常组织,提取总RNA,构建circRNA文库,对其进行转录组测序,获得circRNA表达谱,筛选差异表达circRNA并进行GO和KEGG分析;构建ceRNA网络,分析预测circRNA在OSCC中的作用,并利用cytoscape软件对网络进行可视化.结果 本研究鉴定出了差异表达的circRNA281个,上调的有33个,下调的有248个.GO富集分析中主要参与细胞器组织的调节、GTP酶活性的调节;细胞组分主要在锚定连接、P小体;分子功能在核苷三磷酸酶调节活性、GTPase激活剂活性等生物学过程;KEGG主要富集在肌动蛋白细胞骨架的调节、调节干细胞多能性的信号通路、ErbB信号通路、细胞粘附连接等通路.最终筛选出7个差异表达的circRNA、2个差异表达的miRNA和3个差异表达的mRNA.结论 通过转录组测序鉴定出口腔鳞状细胞癌circRNA几乎全部为的外显子circRNA,主要富集在肌动蛋白细胞骨架的调节、GTP酶活性的调节等通路.
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分类号
R739.8（口腔、颌面部肿瘤）
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1006-1959.2024.12.001
发布时间
2024-07-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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