Cuproptosis相关lncRNAs在结直肠癌中的潜在预后价值
Potential Prognostic Value of Cuproptosis-related lncRNAs in Colorectal Cancer
摘要目的 探讨与铜死亡(Cuproptosis)相关的lncRNA在结直肠癌(CRC)之间的关系,并构建预后模型来预测CRC的预后.方法 通过TCGA数据库下载CRC的转录组数据、基因组数据和临床数据;从已发表的文献中收集Cuproptosis基因,将整理好的转录组数据区分为mRNA和lncRNA,通过共表达分析筛选出与Cuproptosis共表达的lncRNA,并构建预后模型.通过独立预后分析研究模型能否作为独立的预后因子,并分析不同临床分组中高低风险组之间的差异,通过差异分析探索高低风险组之间的差异基因,并进行富集分析,最后分析模型中lncRNA在肿瘤突变负荷,免疫浸润和药物敏感性中的作用.结果 构建了一个由 5 个新的与Cuproptosis相关的lncRNA组成的模型,风险评分=(0.809×LINC01545)+(0.569×AP001160.4)+(0.508×AL442125.2)+(-2.107×AC115989.1)+(-0.280×AC103591.3),其中训练组 1、3、5 年的曲线下面积分别为:0.732、0.740 和0.768;通过PCA图,发现模型可以很好的区分高低风险组患者,并且可以作为独立的预后因素,其中单因素HR=1.119(1.070,1.169),多因素HR=1.077(1.024,1.133);高低风险组在年龄>65 岁、男性、女性、Ⅰ~Ⅱ期、T1~T2 期、T3~T4 期、M0 期、N0期和N1 期临床分组中的生存状态存在差异(P<0.05).高低风险组间的 12 个差异基因主要富集在受体配体活性和动作电位的调节等.低肿瘤突变负荷合并低风险组的患者生存最优,在免疫中,模型中的lncRNA与部分免疫细胞存在相关性,并发现 11种药物对高危人群的CRC 治疗敏感.结论 本次发现了 5 个新的lncRNA 可以很好的预测CRC 的预后,并且模型中的lncRNA与CRC的免疫细胞浸润密切相关,发现了 11 种药物对CRC敏感.
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