换一批从混合组织中推测细胞比例及基因表达的在线应用构建
Construction of an Online Tool for Inferring Cellular Proportions and Gene Expression from Heterogeneous Tissues
摘要从bulk转录组学和DNA甲基化等数据中推断单个细胞类型比例及基因表达的方法,称为细胞类型反卷积方法.细胞类型反卷积方法在细胞异质性和肿瘤免疫微环境研究中发挥了重要的作用,然而各类方法在不同数据上的表现并不稳定.为了克服单个反卷积方法结果的偏倚和功能限制,本文基于R-shiny框架构建了一个从混合组织中推测细胞比例及基因表达研究的在线应用(www.deconvolution.cn),用于转录组数据和DNA甲基化数据的细胞比例分析、基因表达、富集分析及单细胞数据处理等功能.将工具应用在GSE119409直肠癌数据上,得到了新辅助放疗应答与细胞比例和细胞水平基因表达的关系.本应用提供了一个细胞类型反卷积研究的统一交互平台,对研究癌症预后和治疗应答机制都具有重要的意义.
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栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1006-1959.2025.10.009
发布时间
2025-06-06（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
安徽省医学重点专项（202304295107020037）
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