特发性肺纤维化转录组分析和关键基因鉴定
Transcriptome analysis and identification of key genes in idiopathic pulmonary fibrosis
摘要目的 筛选和验证潜在的调控特发性肺纤维化(IPF)发生发展的基因,为IPF治疗提供新的靶点.方法 通过使用转化生长因子β1(TGF-β1)处理HFL1 细胞诱导体外IPF模型(TGF-β1 处理组),同时以未处理细胞作为空白对照组,提取细胞RNA并进行转录组测序.对转录组测序结果进行分析,筛选处理组与对照组间的差异表达基因.同时,进行了Gene Ontology(GO)、Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes(KEGG)和Gene Set Enrichment Analysis(GSEA)功能富集分析.使用IPF疾病相关的GEO数据集GSE24206 和GSE40839 结合转录组测序数据筛选出关键基因.通过IPF体外模型的RT-qPCR实验对这些关键基因进行验证,并筛选出核心基因.最后通过腹腔注射博来霉素构建小鼠IPF模型,通过RT-qPCR对等渗盐水对照组和博来霉素处理组样本进行检测,验证筛选出的核心基因表达变化.结果 相较于空白对照组,TGF-β1 处理组中α-SMA、NOX4 和PDGFA 3 种因子的表达均显著上调,表明体外IPF诱导模型构建成功.转录组测序分析筛选出 2345个差异表达基因.差异基因的GO和KEGG富集分析显示,显著富集的通路包括TGF-β响应及TGF-β信号通路等;GSEA分析则富集到RNA降解、氧化磷酸化等通路.通过GEO数据库和转录组测序数据相交筛选出 26 个与IPF密切相关的基因.经验证,确定SLC19A2 和IFI44 为影响IPF的核心基因.在小鼠IPF模型中,相较于等渗盐水对照组,博来霉素处理组肺组织中SLC19A2 显著上调,IFI44 显著下调,这与IPF体外模型中的结果相一致.结论 SLC19A2 基因和IFI44 基因可能是治疗IPF疾病的新靶点,这为IPF的研究和治疗提供了新思路.
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