换一批
换一批基于WGCNA联合LASSO筛选宫颈癌预后枢纽基因
Identification of Prognostic Markers in Cervical Cancer Based on WGCNA Combined with LASSO
摘要目的 运用生物信息学方法筛选宫颈癌预后相关的分子标志物,为宫颈癌的预后预测提供依据.方法 从GEO、TCGA和GTEx数据库下载宫颈癌转录组表达数据和相应的临床数据.在GSE9750和GSE52903数据集中,通过WGCNA和LAS-SO两种方法联合筛选宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选与预后相关的枢纽基因.在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中比较预后相关的枢纽基因在宫颈癌和正常宫颈组织中的表达情况,并在HPA数据库中验证其蛋白水平的表达.利用ssGSEA分析宫颈癌肿瘤微环境(tumor microenvironment,TME)中免疫细胞浸润情况,探究预后相关的枢纽基因与免疫细胞浸润和免疫检查点基因表达的相关性.结果 WGCNA和LASSO两种方法共筛选出7个宫颈癌枢纽基因,GEPIA数据库进一步筛选得到3个预后相关的枢纽基因MCM2、APOD和RAD54L.在GEO数据集(GSE9750和GSE52903)和TCGA联合GTEx数据集中,与正常宫颈组织比较,MCM2和RAD54L在宫颈癌组织中表达上调,而APOD则表达下调,与HPA数据库中免疫组化结果基本一致.3个预后相关的枢纽基因与免疫细胞和免疫检查点的表达有相关性.结论 MCM2、APOD和RAD54L基因可能是与宫颈癌预后相关的分子标志物,与TME中免疫浸润相关.
更多相关知识
关键词
宫颈癌预后加权基因共表达网络分析最小绝对值选择与收缩算子免疫浸润Cervical cancerPrognosisWeighted gene co-expression network analysisLeast absolute value selection and shrink-age operatorImmune infiltration
分类号
R737
栏目名称
DOI
10.11969/j.issn.1673-548X.2023.08.022
发布时间
2023-10-12
基金项目
河南省重点研发与推广专项(科技攻关)项目（222102310651）；
河南省医学科技攻关计划联合共建项目（LHGJ20220476）
- 浏览44
- 被引0
- 下载8
相似文献
- 中文期刊
- 外文期刊
- 学位论文
- 会议论文
