换一批细胞连接和细胞外基质相关基因在扩张皮肤新生中的表达分析
Expression analysis of genes related to cell junction and extracellular matrix in expanded skin regeneration
摘要目的 利用生物信息学方法分析细胞连接和细胞外基质(ECM)相关基因在扩张皮肤中的表达.方法 下载GEO数据库中大鼠头部扩张皮肤和小鼠背部扩张皮肤的高通量测序数据,筛选差异表达基因(DEGs),对两组DEGs集富集的生物学过程进行GO富集分析和KEGG富集分析,观察扩张皮肤新生过程中细胞连接和ECM相关基因的表达,使用CytoHubba软件分析扩张皮肤新生中的Hub基因.结果 大鼠头部扩张皮肤和小鼠背部扩张皮肤的基因表达集中相同的基因共有287个.GO分析和KEGG分析显示两个DEGs集和共有DEGs均富集在表皮发育、细胞-细胞连接组织、细胞-细胞黏附、ECM的组织、IL-17信号通路上,其中细胞-细胞连接基因共有23个,包括黏附连接(Cdh2、Cdh3)和缝隙连接(Gjb2、Gjb6)等在扩张皮肤中表达上调,ECM基因共有15个,包括Serpinb5、Klk7、Mpzl3、Tgm1、Fermt1在扩张皮肤中表达上调.此外,我们表征了富集在表皮发育、细胞-细胞连接组织、ECM的组织、细胞-细胞黏附的共有DEGs.结论 通过生物信息学方法,我们进一步了解细胞连接和ECM相关基因在扩张皮肤新生过程中的表达,为研究机械牵拉介导的扩张皮肤新生机制提供了新的思路.
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DOI
10.13276/j.issn.2097-1656.2024.08.003
发布时间
2024-09-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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