换一批罗勒花和叶的转录组数据组装及基因功能注释
Transcriptome data assembly and gene function annotation of flowers and leaves of Ocimum basilicum
摘要目的 系统了解罗勒Ocimum basilicum花和叶的转录组特征,丰富罗勒转录组数据信息.方法 选取罗勒新鲜花朵和叶片为材料,利用Illumina HiSeqTM 2500进行高通量测序,构建罗勒花和叶转录组文库,并用测序评估、转录组数据组装和基因功能注释等生物信息学方法进行分析.结果 对原始数据进行除杂之后,共获得86 33 1 137个reads片段,包含了6 455 365 309个核苷酸序列信息;将质控后得到的高质量序列进行de novo拼接,得到了90 341个Unigene片段.将Unigene与COG数据库进行比对表明,罗勒的花和叶转录组中的Unigene根据功能可大致分为25类;根据GO功能分类可大致分为生物过程、细胞组分和分子功能3大类43分支;利用KEGG数据库作为参考,依据代谢通路可以将转录组中的数据分成111类,包括生化代谢通路、植物病原体互作、DNA剪切、植物激素生物合成、苯丙氨酸生物合成、萜类化合物与类固醇类化合物合成、脂类代谢、RNA降解等.MISA软件成功设计15 617对SSR引物,检测到10 254个SNP位点.结论 研究结果为后期罗勒功能基因的挖掘、代谢途径及调控机制的研究奠定了理论基础.
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分类号
R282.12
栏目名称
DOI
10.7501/j.issn.0253-2670.2017.17.025
发布时间
2017-11-16（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
四川省科技厅科技支撑计划项目（2016NZ0058）；
四川省教育厅重点科研项目（16ZA0323）；
2016年地方高校国家级大学生创新创业训练计划项目（201610639002,201610639014）
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