换一批
换一批NaCl胁迫下黑果枸杞bHLH转录因子家族鉴定与生物信息学分析
Identification and bioinformatics analysis of bHLH transcription factor gene family in Lycium ruthenicum Murr under NaCl stress
摘要目的 基于不同浓度NaC1胁迫下黑果枸Lycium ruthenicum杞转录组测序结果,利用生物信息学方法对黑果枸杞bHLH转录因子家族成员进行鉴定.方法 通过对NaCl胁迫下黑果枸杞根和叶的样品进行转录组测序,筛选出bHLH家族基因,利用生物信息学方法对筛选到的基因进行理化性质、保守结构域、基因结构、细胞定位及系统进化分析.结果 黑果枸杞在NaCl胁迫下的转录组数据库中共筛选出89个bHLH转录因子家族基因;bHLH家族蛋白理化性质差异较大,71.90％的蛋白质呈弱酸性,蛋白属于亲水蛋白.黑果枸杞bHLH家族蛋白含有2个保守结构域,分别位于N端的碱性氨基酸区和C端的螺旋-环-螺旋区.亚细胞定位预测bHLH家族蛋白主要分布在细胞核内和细胞质中.进化分析显示,黑果枸杞中89个bHLH转录因子家族蛋白可分为20个亚族,其中第3亚族中包含的bHLH成员最多,为11个;第7、11、13、22亚族中的成员数量均为1个,其他亚族为2～9个.结论 NaCl胁迫下黑果枸杞bHLH转录因子家族有89个成员,bHLH家族蛋白大多数呈弱酸性,属亲水蛋白,可分为20个亚族.
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