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胰腺癌"炎-癌"转化关键基因筛选及干预中药的预测分析

Screening of key genes for"inflammation-cancer"transformation of pancreatic cancer and predictive analysis of intervening traditional Chinese medicine

摘要目的 通过生物信息学技术筛选胰腺癌(pancreatic cancer)与慢性胰腺炎(chronic pancreatitis,CP)组织的差异基因,预测能够干预胰腺癌"炎-癌"转化进程的中药及其潜在治疗靶点及机制.方法 从基因表达数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)获取GSE151945、GSE30134基因芯片,应用R软件进行数据标准化、差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs)筛选,并进行基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析;通过STRING数据库构建蛋白-蛋白互作网络,应用Cytoscape构建蛋白互作网络图,应用CytoHubba插件筛选关键基因;使用R软件对关键基因进行生存分析,筛选显著影响胰腺癌预后的基因,通过Kaplan-Meier曲线进行可视化展示;将上述基因与Coremine Medical数据库相互映射,预测潜在治疗作用的中药.从TCMSP和TCMID数据库获取中药化学成分,利用Cytoscape构建"中药-成分-靶点"网络图,并使用CytoHubba插件筛选关键靶点.结果 共筛选出178个DEGs,其中88个上调基因,90个下调基因;DEGs主要参与病毒生命周期、细胞外结构组织、细胞外基质组织、染色质的共价修饰等生物功能;KEGG通路分析显示DEGs主要富集在人乳头瘤病毒感染、志贺菌病、亨廷顿病、癌症蛋白多糖和丝裂原活化蛋白激酶(mitogen-activated protein kinase,MAPK)信号通路;共得出20个关键基因,生存分析提示黏附连接相关蛋白纽蛋白(vinculin,VCL)、核不均一性核糖核蛋白L(heterogeneous nuclear ribonucleoprotein L,HNRNPL)、小泛素样修饰物 3(small ubiquitin like modifier 3,SUMO3)、整合素 α3(integrin subunit alpha 3,ITGA3)、整合素 β5(integrin subunit beta 5,ITGB5)、黏结蛋白聚糖 1(syndecan 1,SDC1)和神经细胞黏附分子 1(neural cell adhesion molecule 1,NCAM1)显著影响胰腺癌预后;筛选得到干预胰腺癌"炎-癌"转化进程的潜在中药有夏枯草、金钱草、紫苏、生地、赤芍、菟丝子等.结论 胰腺癌"炎-癌"转化机制复杂,中药可通过多靶点干预胰腺癌"炎-癌"转化,该研究将为胰腺癌发生机制和治疗药物的研究提供参考方向.

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分类号 R285
DOI 10.7501/j.issn.0253-2670.2022.15.023
发布时间 2022-09-22(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
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中草药

中草药

2022年53卷15期

4795-4806页

ISTICPKUCSCDCA

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