医学文献 >>
  • 检索发现
  • 增强检索
知识库 >>
  • 临床诊疗知识库
  • 中医药知识库
评价分析 >>
  • 机构
  • 作者
默认
×
热搜词:
换一批
论文 期刊
取消
高级检索

检索历史 清除

血管性痴呆铜死亡关键差异基因的生物信息学分析及防治中药筛选

Bioinformatics analysis of cuproptosis in vascular dementia and screening of traditional Chinese medicine for prevention and treatment

摘要目的 通过机器学习等生物信息学方法筛选参与血管性痴呆(vascular dementia,VaD)发病机制的铜死亡关键差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),并预测和分析具有防治作用的中药.方法 基于GSE33000数据集筛选铜死亡DEGs并分析其相关性;对数据集样本进行聚类分型,应用基因集变异分析(gene set variation analysis,GSVA)分型后通路富集情况;应用加权基因共表达网络分析与VaD关系密切的基因并取交集获得重要基因;构建风险预测列线图模型筛选重要基因的风险因子;基于风险因子构建多种机器学习方法的预测模型并将其与铜死亡DEGs进行相关性分析得到关键基因,并进行防治中药的筛选.结果 共获得铜转运ATP酶β(ATPase copper transporting beta,ATP7B)、硫辛酸合成酶(lipoic acid synthetase,LIAS)等9个铜死亡DEGs,其相互之间表现出较强的协同或拮抗效应.根据铜死亡DEGs可将VaD患者分为2种亚型且DEGs在亚型间表达有所差异.分型后GSVA通路富集结果涉及刺猬信号通路等;绿松石模块(37个差异基因)与VaD分型高度相关,其与数据集DEGs交集得到5个重要基因,其中XLOC_005471可能是VaD的风险因子.广义线性模型(generalized linear models,GLM)机器学习模型的预测性能最高.脂酰基转移酶2(lipoyltransferase 2,LIPT2)、二氢脂酰胺S-乙酰基转移酶(dihydrolipoamide S-acetyltransferase,DLAT)、二氢硫辛酰胺脱氢酶(dihydrolipoamide dehydrogenase,DLD)、丙酮酸脱氢酶 El 亚基 β(pyruvate dehydrogenase El subunit beta,PDHB)与金属调节转录因子 1(metal regulatory transcription factor 1,MTF1)与风险因子相关性较强,可作为铜死亡关键DEGs,其中MTF1、PDHB的表达与VaD患者年龄负相关(P<0.01).根据铜死亡DEGs筛选出海蛤壳、鱼鳔胶等29味中药,其四气五味多属寒、温、平,苦、甘,归胃、肾、心、肝经,多为清热补虚药.结论 ATP7B、LIAS等9个铜死亡DEGs相互调控作用及其相关的刺猬信号通路可能是VaD铜死亡相关发病机制的重要环节,其中TLIPT2、DLAT、DLD、PDHB与MTF1是铜死亡关键基因.GLM机器学习模型可以较准确诊断VaD.ATP7B、LIAS等铜死亡DEGs可能有助于阐释VaD火热内盛伴有气虚或肾精亏虚证型的实质机制,海蛤壳、鱼鳔胶等中药可能为防治VaD潜在分子药物的来源.

更多
广告
DOI 10.7501/j.issn.0253-2670.2023.21.021
发布时间 2023-12-22(万方平台首次上网日期,不代表论文的发表时间)
  • 浏览74
  • 下载0
中草药

中草药

2023年54卷21期

7120-7129页

ISTICPKUCSCDCA

加载中!

相似文献

  • 中文期刊
  • 外文期刊
  • 学位论文
  • 会议论文

加载中!

加载中!

加载中!

加载中!

法律状态公告日 法律状态 法律状态信息

特别提示:本网站仅提供医学学术资源服务,不销售任何药品和器械,有关药品和器械的销售信息,请查阅其他网站。

  • 客服热线:4000-115-888 转3 (周一至周五:8:00至17:00)

  • |
  • 客服邮箱:yiyao@wanfangdata.com.cn

  • 违法和不良信息举报电话:4000-115-888,举报邮箱:problem@wanfangdata.com.cn,举报专区

官方微信
万方医学小程序
new医文AI 翻译 充值 订阅 收藏 移动端

官方微信

万方医学小程序

使用
帮助
Alternate Text
调查问卷