基于生物信息学分析活动期溃疡性结肠炎铜死亡相关基因及调控中药预测
Analysis of cuproptosis-related genes in active ulcerative colitis based on bioinformatics and prediction of regulatory traditional Chinese medicine
摘要目的 基于生物信息学探究铜死亡相关基因在活动期溃疡性结肠炎(ulcerative colitis,UC)中的表达及作用机制,并筛选可对铜死亡相关基因起调控作用的中药.方法 从GEO数据库中获取活动期UC相关数据集;以GSE11223数据集为训练集提取差异表达的铜死亡相关基因(differentially expressed cuproptosis-related genes,DECRGs),分析DECRGs之间的相关性及DECRGs相关的免疫浸润和生物学功能.根据DECRGs的表达量对活动期UC患者进行共识聚类分型,基于分型进行加权基因共表达网络分析(weighted gene co-expression network analysis,WGCNA)来识别核心基因.构建机器学习模型筛选活动期UC特征基因并验证其对活动期UC患病风险的预测能力.最后进行中药预测并通过中医传承计算平台(V3.5)统计中药的出现频次、性味归经和药物分类.结果 共获得11个DECRGs,DECRGs具有相互调控和免疫调节作用.共识聚类将活动期UC分为2个亚型,WGCNA获得核心基因234个.机器学习模型预测人中胚层特异性转录基因(mesoderm-specific transcript,MEST)、跨膜蛋白 98(transmembrane protein 98,TMEM98)、晶状体蛋白 λ1(crystallin lambda 1,CRYL1)、染色体 14 开放阅读框(chromosome 14 open reading frame 147,C14orf147)和跨膜蛋白 141(transmembrane protein 141,TMEM141)是活动性UC的特征基因.预测得到的中药四气以温、寒、平为主;五味以苦、甘、辛为主;归经以肝、脾经居多;高频中药为白术、丹参、莪术、紫草等;以清热药、补虚药和活血化瘀药为主.结论 铜死亡在活动期UC的发生、发展和诊断中起重要作用.白术、丹参、莪术、紫草等高频中药可能通过调节铜死亡相关基因治疗活动期UC,可为活动期UC的临床治疗提供参考依据.
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