换一批摘要目的 揭示忍冬属囊管组16种植物叶绿体基因组特征及系统发育关系.方法 以16种囊管组植物为研究材料,利用CodonW、EMBOSS、Excel等软件分析其叶绿体基因组密码子使用偏好性;利用IRscope、mVISTA、DNAsp进行叶绿体基因组比较分析;利用PhyloSuite基于最大似然法及贝叶斯法2种方法构建系统发育树.结果 结果显示ENC值为46.54～47.37,均大于35,密码子偏好性较弱.GCall含量范围为38.92％～39.22％,均小于40％,具有明显的A/U偏好性,且GC1＞GC2＞GC3,密码子第3位碱基以A/U为主.通过中性绘图、ENC-plot及PR2-plot分析,发现影响密码子使用偏好性的主要因素是自然选择.筛选出最优密码子7个,且密码子第3位均以A/U结尾.16种囊管组植物中均出现ycf1假基因.IR边界保守,差异较小.变异主要集中在非编码区,且单拷贝区域核苷酸多态性大于反向重复区域,存在更多的变异位点.系统发育分析结果显示,红花亚组与紫花亚组内物种系统发育位置与《中国植物志》存在差异.结论 揭示了影响忍冬属囊管组植物密码子偏好性的因素.结合叶绿体基因组比较分析,系统发育分析,有助于进一步理解忍冬属植物的进化和适应机制.
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关键词
忍冬属囊管组叶绿体基因组密码子偏好性系统进化Lonicera L.Sect.Isikachloroplast genomecodon usage biasphylogenetic evolution
分类号
R286.12（中药学）
栏目名称
DOI
10.7501/j.issn.0253-2670.2024.09.022
发布时间
2024-06-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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