换一批当归AP2/ERF转录因子家族鉴定及干旱胁迫下的表达分析
Identification of AP2/ERF transcription factor family in Angelica sinensis and its expression analysis under drought stress
摘要目的 对当归Angelica sinensis中的AP2/ERF转录因子基因进行鉴定以及生物信息学分析,并分析其在干旱胁迫下的表达差异,以期筛选出与响应干旱胁迫相关的AsAP2/ERF基因,为后续深入研究 2 品种当归抗逆性差异及抗性育种提供参考依据.方法 基于全长转录组测序数据,利用生物信息学方法对AsAP2/ERF转录因子家族成员进行鉴定,并分析该家族特征.基于干旱胁迫转录组数据分析AsAP2/ERF基因的表达模式,并利用qRT-PCR技术进行验证.结果 从当归中共鉴定到 53个AP2/ERF转录因子,包括 28 个ERF、18 个DREB、5 个RAV、2 个AP2 亚家族成员.AsAP2/ERF转录因子的氨基酸数量是 142～440 aa,均为亲水性蛋白,亚细胞定位预测结果显示多数成员定位于细胞核.基因表达模式的分析结果表明,在响应干旱胁迫条件下,"岷归 2 号"(M2)中表达上调的基因数量多于"岷归 1 号"(M1),其中 8 个基因在 2品种当归D2 组表达差异显著,这可能与 2 品种当归的抗旱性相关.qRT-PCR分析结果表明,6 个基因与干旱胁迫转录组数据基本一致.结论 鉴定了当归中的AP2/ERF转录因子家族,探究了不同基因在干旱胁迫下的表达模式,最终获得了 6 个响应干旱胁迫的AsAP2/ERF候选基因,为后期开展当归抗旱功能基因的研究奠定基础.
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关键词
当归AP2/ERF家族干旱胁迫基因表达转录组Angelica sinensis(Oliv.)DielsAP2/ERF gene familydrought stressgene expressiontranscriptome
分类号
R286.12（中药学）
栏目名称
DOI
10.7501/j.issn.0253-2670.2024.14.021
发布时间
2024-08-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
甘肃省高校青年博士基金资助项目（2023QB094）
甘肃省科技重大专项（23ZDFA0131）
甘肃省教育厅双一流科研重点项目（GSSYLXM05）
甘肃省科技计划项目（20JR5RA182）
甘肃中医药大学科学研究与创新基金项目（2021KCZD4）
西北中藏药省部共建协同创新中心开放基金项目（Xbzzy202207）
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