换一批黄连转录组SSR位点信息分析及分子标记开发
Site information analysis and molecular marker based development of SSR in Coptis chinensis transcriptome
摘要目的 探究黄连Coptis chinensis转录组中简单重复序列(simple sequence repeat,SSR)位点信息,进而开发可用于黄连资源遗传多样性评价的SSR分子标记.方法 采用MISA软件对黄连叶片转录组获得的 93 629 条Unigene进行SSR位点数据挖掘,利用Primer 3.0 软件进行引物设计,以 64 株不同形态的黄连作为分析样本,通过聚丙烯酰胺凝胶电泳筛选多态性引物.结果 黄连转录组中的 12 848 个SSR位点分布于 10 016 条Unigene 序列中,SSR位点的出现频率为 13.72%.单核苷酸和三核苷酸重复是SSR序列中最主要的重复类型,分别占SSR总数的 53.81%和 25.01%.SSR序列中共包含 115种重复基元,优势重复基元为A/T、AG/CT、AAG/CTT.随机筛选的 180 对引物中,94 对可扩增出清晰条带,其中的 7 对引物具有明显多态性,能够将 64 份黄连样本分成4 个类群,其生物性状与遗传多样性聚类结果基本吻合.结论 黄连转录组中SSR位点出现频率较高,重复类型丰富,多态性较高,可为黄连资源研究提供候选分子标记.开发的 7 个SSR标记可用于黄连资源遗传多样性评价、种质鉴定、分子辅助育种等研究.
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关键词
黄连转录组简单重复序列分子标记多态性Coptis chinensis Franch.transcriptomesimple sequence repeat(SSR)molecular markerpolymorphism
分类号
R286.12（中药学）
栏目名称
DOI
10.7501/j.issn.0253-2670.2024.19.023
发布时间
2024-10-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家重点研发计划（2022YFD1201600）
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