换一批
换一批刺五加PsbP基因的鉴定、适应性进化及分子动力学模拟
Identification,adaptive evolution and molecular dynamics simulation of PsbP gene of Eleutherococcus senticosus
摘要目的 筛选刺五加Eleutherococcus senticosus中的PsbP基因(EsPsbP基因),分析其进化特征,研究EsPsbP蛋白与PsbQ蛋白的结合方式,探究其在不同光照下的表达量.方法 根据刺五加基因组数据筛选得到EsPsbP基因,并对其进行生物信息学、适应性进化分析和分子动力学模拟,根据转录组测序结果探究EsPsbP在不同光照下的表达量.结果 共筛选得到了16个EsPsbP基因并将其分为了A～I共9组.在刺五加种内与刺五加和龙牙楤木Aralia elata间共得到了21对共线性基因对,并且基因对的Ka/Ks均小于1.EsPsbP基因没有正选择位点.EsPsbP基因启动子中存在大量光响应元件、激素响应元件和干旱响应元件.分子动力学模拟发现PsbQ蛋白优先与A组的EsPsbP蛋白进行结合.转录组数据显示,不同光质照射后,有9个EsPsbP产生了差异表达.结论 刺五加的16条EsPsbP基因在进化中主要受到纯净选择,这有助于维持基因的稳定性.基因结构特征的分化可能导致EsPsbP与PsbQ蛋白结合能力及对光质变化反应的差异,这些特性可能与刺五加的生理适应及药材品质形成相关,为进一步研究其功能奠定了基础.
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关键词
刺五加PsbP基因适应性进化分子对接分子动力学模拟Eleutherococcus senticosus (Rupr. Et Maxim.) Maxim.PsbP geneadaptive evolutionmolecular dockingmolecular dynamics simulation
分类号
R282.12
栏目名称
药材与资源
DOI
10.7501/j.issn.0253-2670.2025.01.024
发布时间
2025-01-24
基金项目
国家自然科学基金
河北省中央引导地方科技发展资金
河北省自然科学基金
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