换一批黄芩属药用植物叶绿体基因组密码子使用偏好性分析
Analysis on codon usage bias of chloroplast genomes in medicinal plants from genus Scutellaria
摘要目的 为探究黄芩属药用植物叶绿体基因组密码子的使用偏好性及其影响因素,为黄芩属药用植物遗传育种、资源保护等研究提供理论依据.方法 从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库中下载了16种黄芩属药用植物的叶绿体基因组,使用Codon W 1.4.2及CUSP和SPSS 27等软件对16种黄芩属药用植物叶绿体基因的编码区(CDS)序列密码子偏好性进行分析.结果 16种黄芩属药用植物的叶绿体基因组编码区的同义密码子和最优密码子使用偏好性一致,都是以A/U结尾,高频密码子有UUA、AGA.PR2-plot、中性图和ENC-plot的结果显示16种黄芩属药用植物叶绿体基因组的密码子使用偏好性同时受到自然选择和内部碱基突变的影响,但自然选择是叶绿体基因组密码子偏好性形成的主导因素.结论 16种黄芩属药用植物的叶绿体基因组密码子偏好A/U结尾,与其他因素相比自然选择是其密码子偏好形成的主导因素.
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关键词
黄芩属药用植物叶绿体基因组自然选择密码子使用偏好性Scutellaria Linn.medicinal plantschloroplast genomenatural selectioncodon usage bias
分类号
R286.12（中药学）
栏目名称
DOI
10.7501/j.issn.0253-2670.2025.01.026
发布时间
2025-01-24（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家重点研发计划（2017YFC1701701）
国家中医药管理局科技司中药质量保障与创新发展项目（2024002845）
河北省省级科技计划（H2024423018）
河北省省级科技计划（22326418D）
河北省二期现代农业产业技术体系创新团队（HBCT2023080201）
河北省二期现代农业产业技术体系创新团队（HBCT2023080205）
河北中医药大学大学生创新项目（s202414432021）
河北中医药大学大学生创新项目（s202414432050）
河北省中医药管理局科研计划项目（2023351）
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