换一批棘豆属9种代表物种叶绿体基因组密码子使用偏好性的比较分析
Comparative analysis of codon usage bias in chloroplast genome of nine representative species of Oxytropis
摘要目的 探究棘豆属Oxytropis物种密码子使用模式及影响因素.方法 基于棘豆属9 个代表物种的叶绿体基因组数据,采用CodonW1.4.2、SPSS23 等软件分析密码子偏好性.结果 棘豆属9 个代表物种密码子的不同位点GC含量差异较大,均小于 50%,GC1＞GC2＞GC3;碱基组成与密码子适应指数(codon adaptation index,CAI)、密码子偏好指数(codon bias index,CBI)、密码子使用频率(frequency of optional codons,FOP)等密码子参数存在显著正相关;棘豆属 9 个代表物种有效密码子数大于 35,偏好性较弱;ENC-plot、PR2-plot和中性绘图分析显示,自然选择是影响棘豆属物种密码子偏好性的主要因素;9 个代表物种鉴定到 23 个最优密码子,均以A/U结尾;系统发育和聚类分析表明,棘豆属物种具有明显的属内分化,黄花棘豆和甘肃棘豆的亲缘关系较近.结论 棘豆属 9 个代表物种的密码子偏好性较弱,自然选择是影响棘豆属物种密码子偏好性的主要因素,为棘豆属物种遗传进化研究提供了重要参考数据.
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关键词
叶绿体基因组有效密码子中性绘图最优密码子聚类分析chloroplast genomeeffective codonneutral plotoptimal codoncluster analysis
分类号
R286.12（中药学）
栏目名称
DOI
10.7501/j.issn.0253-2670.2025.14.020
发布时间
2025-07-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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