换一批广西一株HIV-1 CRF01_AE/CRF07_BC独特重组毒株的鉴定
Identification of a HIV-1 CRF01_AE/CRF07_BC unique recombinant form in Guangxi
摘要目的 对一条不能明确亚型的HIV-1近似全长基因组序列进行分析,确定毒株的重组特征及可能来源.方法 利用近末端稀释法分两段进行HIV-1近似全长基因组的扩增,获取序列后使用SimPlot软件分析近似全长基因组序列的重组模式及断点,采用分片段构建ML进化树的方法确认重组断点准确性,绘制重组病毒的基因镶嵌模式图.对各基因片段与相应亚型的全部近似全长基因组序列构建ML进化树,推测其亲本毒株可能来源.结果 扩增及测序后,获得一条长度为8943 bp(HXB2:649～9599)的HIV-1近似全长基因组序列.断点分析表明,该序列的重组模式是以CRF01_AE为骨架插入CRF07_BC片段,其中片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ来自CRF01_AE毒株,片段Ⅱ和Ⅳ来自CRF07_BC毒株,4个重组断点相对应于HXB2的位置分别为3957、4224、5560和5899.亲本毒株来源分析表明,与片段Ⅰ、Ⅲ和Ⅴ成簇的CRF01_AE序列主要来自东南亚国家如泰国、老挝、越南.片段Ⅱ和Ⅳ则与我国西南地区吸毒人群中的CRF07_BC序列聚集.结论 获得一株由CRF01_AE和CRF07_BC重组形成的HIV-1独特重组毒株,其亲本病毒中的CRF01_AE可能与东南亚国家的毒株同源,而CRF07_BC可能来自我国西南地区的吸毒人群.
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