换一批深度测序用于家庭内传播HIV-1耐药及准种特征分析
The application of deep sequencing in analyzing drug resistance and characterizing HIV-1 quasispecies in families
摘要目的 通过深度测序获得家庭内成员HIV-1准种信息,分析相互之间的传播进化关系及耐药情况.方法 收集1对阳性夫妻与其阳性新生儿产时、产后48小时、42天及2岁龄时的血液样本,对母亲产时血浆和新生儿产时干血斑样本进行HIV-1病毒载量检测;提取干血斑中HIV-1 DNA,经巢式PCR扩增HIV-1 gag、pol、env基因区后进行亚型鉴定、耐药分析和Hiseq高通量测序.计算各样本内/样本间基因离散率,选择最大似然法构建准种进化树.结果 母婴产时病毒载量分别为5 600拷贝/mL和1 000拷贝/mL;3人均感染CRF07_BC亚型;新生儿2年后K65R低频耐药株占比较出生时增高;母子间基因离散率低于父子间;pol区进化树显示三者之间为"父-母-子"的传播关系;新生儿4个时期样本内基因离散率在0.47％～0.68％间波动,与基线样本相比基因离散率在0.49％～0.82％间波动;pol、env进化树表明新生儿优势准种是由基线准种进化而来.结论 通过深度测序可以明确家庭内成员HIV-1准种传播规律、遗传特征、不同时期的准种动态以及耐药变化,指导后续的cART.
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DOI
10.13419/j.cnki.aids.2024.05.02
发布时间
2024-07-02（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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