基于血清蛋白质组学的TAGLN2、CTSD等5种早期胃癌生物标志物的发现及初步验证
Discovery and preliminary validation of five early gastric cancer biomarkers,including TAGLN2 and CTSD,based on serum proteomics
摘要背景与目的:胃癌作为常见恶性肿瘤之一,早期诊断和治疗对改善患者预后至关重要.本研究基于早期胃癌患者的血清定量蛋白质组学研究,旨在发现潜在诊断早期胃癌的生物标志物.方法:收集2023年6月—12月在兰州大学第二医院就诊的原发性胃癌患者血清的临床资料与体检的健康对照人群的血清资料.所有资料根据本研究的纳入和排除标准进行筛选.使用数据依赖性的采集模式(data-dependent acquisition,DDA)建立蛋白质谱图库后,数据非依赖性的扫描模式(data-independent acquisition,DIA)对各样本进行单独分析.通过STRING数据库分析蛋白组学中胃癌血清中表达上调的蛋白质相互作用,采用KEGG与基因本体GO数据库分析蛋白质对应基因的信号转导通路与功能注释.通过GEPIA2分析基因在胃癌与非胃癌组织中的表达水平,Kaplan-Meier Plotter分析各基因对应胃癌患者的总生存期.利用定量反转录聚合酶链反应(quantitative reverse transcription polymerase chain reaction,qRT-PCR)法验证差异基因在临床胃癌及癌旁组织中的表达.本研究获得兰州大学第二医院研究伦理委员会的批准(伦理批号:2023A-459)并豁免知情同意.结果:最终入组并获得30例原发性胃癌患者血清与29例健康对照人群血清资料,另获得8例癌旁组织资料.采用血清定量蛋白质组学共鉴定到666种交集蛋白,其中在胃癌组中有16种蛋白质对应基因表达上调,22种表达下调(P<0.05,|FC|≥1.5).STRING数据库分析显示,10种上调蛋白质处于互作网络中,KEGG与GO分析表明基因与癌症发生、发展的生物过程密切相关.GEPIA 2与Kaplan-Meier Plotter分析显示B2M、TAGLN2、CTSD、HSP90AB1、SH3BGRL3与CFL1共计6个基因在胃癌组中高表达(P<0.05)且预后不良.qRT-PCR结果表明,TAGLN2、CTSD、SH3BGRL3、CFL1与HSP90AB1在胃癌组织中高表达(P<0.05).结论:TAGLN2、CTSD、SH3BGRL3、CFL1与HSP90AB1具有作为诊断早期胃癌的血清生物标志物的潜力,有利于胃癌的早诊早治.
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