换一批云南省昆明地区2021年柯萨奇病毒A10型VP1区基因特征分析
Phylogenetical analysis of coxsackievirus A10 VP1 region gene in Kunming,Yunnan province,2021
摘要目的 对云南省昆明地区2021年手足口病(hand,foot and mouth disease,HFMD)患儿粪便样本中提取的柯萨奇病毒A10型(coxsackievirus A10,CVA10)VP1区基因特征进行分析.方法 从2021年昆明地区各县市区送检的手足口病患儿粪便标本中直接提取病毒RNA,先用肠道病毒EVU/EV-A71/CVA16三重核酸检测试剂盒和CVA6/CVA10病毒双通道核酸检测试剂盒进行核酸检测,检出的CVA10病毒再用486/488和487/489引物分两段扩增CVA10 VP1区全序并测序,用Sequencher 4.8软件对序列进行拼接和编辑,得到CVA10VP1区全序列.将测得的序列与文献中的序列进行比对,用Mega 5.2软件构建系统进化树,进行基因特征及分子流行病学分析.结果 2021年从852份手足口病患儿粪便标本中共检测到331株肠道病毒(enterovirus,EV),总阳性检出率为38.85％(331/852),其中,23株(6.95％,23/331)为CVA10.VP1区基因分析结果表明,23株CVA10病毒株均为基因型E,是昆明地区特有的基因型,为国内首次报道.CVA10病毒VP1区共有894个碱基,编码298个氨基酸.与原型株Kowalik进行氨基酸变异分析,结果表明,298个氨基酸位点中,昆明株分别有30～32个位点发生变化.结论 云南省昆明地区2021年手足口病病原中的CVA10毒株均为基因型E,是中国新发现的基因型,应进一步加强对CVA10的基因检测和分子流行病学分析.
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