羊BMPR-IB基因非同义单核苷酸多态性的生物信息学分析

Bioinformatics Analysis of Non-Synonymous Single Nucleotide Polymorphisms of Sheep BMPR-IB Gene

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摘要以羊BMPR-IB基因为研究对象,采用生物信息学方法,对该基因潜在的、具有生物学功能的非同义单核苷酸多态性位点(nsSNPs)进行预测,通过SIFI、PolyPhen-2、PROVEN等软件分析预测nsSNPs是否对BMPR-IB蛋白的结构及功能产生影响;通过I-Mutant 3.0、BDM-PUB、GPS-SUMO、Consurf等软件分析预测有害位点nsSNPs对蛋白质稳定性、泛素化修饰位点、磷酸化修饰位点、氨基酸进化位保守水平等是否有影响.结果表明:BMPR-IB基因存在9个nsSNPs位点,其中Q305R、R469K两个位点为主要的有害突变;9个nsSNPs位点BMPR-IB蛋白稳定性均有所降低,其中C35Y、C45S、R44H的稳定性大大降低.预测结果显示,Q305R、R469K为羊BMPR-IB基因的潜在功能性位点.

作者冯东青 ^[1] 王慧青 ^[2] 刘月 ^[3] 敦伟涛 ^[3] 刘铮铸 ^[4] 巩元芳 ^[4] 李晓辉 ^[5] 孙洪新 ^[3] 学术成果认领

作者单位河北省畜牧兽医研究所,保定071000;河北科技师范学院,秦皇岛066000 ^[1] 河北省畜牧兽医研究所,保定071000;河北农业大学动物医学院,保定071000 ^[2] 河北省畜牧兽医研究所,保定071000 ^[3] 河北科技师范学院,秦皇岛066000 ^[4] 正定县农业农村局,正定050800 ^[5]

关键词羊 BMPR-IB基因非同义单核苷酸多态性生物信息学分析

分类号 S826.2

栏目名称 研究论文

DOI 10.3969/j.issn.2095-3887.2021.03.001

发布时间 2021-07-26

基金项目

河北省羊产业技术体系创新团队保定综合试验推广站建设项目 河北省羊产业技术体系创新团队遗传资源开发与利用岗项目