换一批外周血白细胞PTK7表达水平与冠心病的相关性及其诊断价值
Impacts of protein tyrosine kinase 7 expression in peripheral leukocytes on the devel-opment of coronary heart disease and its diagnostic value
摘要[目的]探究蛋白酪氨酸激酶7(PTK7)与冠心病(CHD)的相关性及其诊断价值.[方法]通过GEO数据库获得目标基因.采用StataSE15求PTK7的总标准化平均差(total SMD),绘制总受试者特征(SROC)曲线.采用反转录定量PCR(RT-qPCR)验证PTK7在CHD和对照组人群样本中的表达情况,并从GEO数据库搜索CHD相关单细胞RNA测序数据从而分析PTK7在不同细胞中的表达情况.通过CDB数据库预测PTK7的上游转录因子,对差异共表达基因进行GO和KEGG富集分析.[结果]通过分析从GEO数据库获取的数据集,发现PTK7在CHD患者外周血白细胞(PBL)中高表达(total SMD=0.81,95％CI=0.17～1.45).人群样本验证也证实了上述结果.绘制SROC,曲线下面积(AUC)=0.79,表明PTK7具有中等的区分CHD与非CHD的能力.单细胞RNA测序分析结果显示PTK7在正常外周血不同细胞中表达比例较低.此外通过ChIP-seq数据库预测PTK7潜在的上游转录因子,发现IRAK1、SNAI2可能是PTK7的正相关上游转录因子,EP300、NIPBL可能是PTK7的负相关上游转录因子.[结论]PBL中PTK7的高表达与CHD发生呈正相关,具有一定的诊断价值.
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关键词
冠心病蛋白酪氨酸激酶7单细胞RNA测序分析反转录定量PCR生物信息学coronary heart diseaseprotein tyrosine kinase 7single-cell RNA sequencingreverse transcrip-tion quantitative polymerase chain reaction(RT-qPCR)bioinformatics
分类号
R5
栏目名称
DOI
10.20039/j.cnki.1007-3949.2023.11.005
发布时间
2023-12-26（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
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