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细粒棘球绦虫延伸因子1生物信息学分析

Property and structure of elongation factor 1 in Echinococcus granulous,a bioinformatics analysis

摘要目的 利用生物信息学技术对细粒棘球绦虫的延伸因子1(EF-1)进行分析,探讨其诊断价值.方法 通过Expasy系统预测EF-1的理化性质,使用DNAStar软件分析蛋白亲水性、柔性区域、抗原指数及表面可及性,利用ABCpred与IEDB软件综合预测B细胞线性抗原表位,通过DNAStar软件预测T细胞表位,使用SOPMA软件预测二级结构,SWISS-MODEL网站构建EF-1的三级结构,使用MEGA软件选择neighbor joining法构建EF-1氨基酸序列的系统发育树.结果 EF-1基因序列全长1 412 bp,含有2个内含子;EF-1亲水性得分较高的区域为35~ 45、52 ~ 70、126 ~140、158 ~ 183、301~ 322、357~380、424~448;柔性区域为26 ~ 45、54 ~71、162~176、300 ~318、357 ~381、432 ~448;抗原性指数得分较高的区域分布与柔性区域一致;表面可及性得分较高的区域较少,主要分布在39 ~54、62 ~76、128 ~132、161 ~170、220 ~234、315~ 329、354 ~372、424~448;可能的B细胞线性表位的氨基酸序列为120~130、286~ 295、306 ~320、365~ 378;可能的优势性T细胞表位区域为34 ~ 48、164 ~177、222~244、280 ~290、321 ~330、396 ~407;EF-1的二级结构中α螺旋占32.81%、β折叠占22.54%、β转角占10.94%、无规则卷曲占33.71%;系统发育树结果表明多房棘球绦虫为一枝,其余聚于一枝,且内部形成许多梳齿状分枝.结论 得到4个可能形成B细胞表位的区域、6个优势性T细胞表位区域,EF-1具有较高的保守性,可作为免疫诊断和药物治疗靶点.

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中国公共卫生

中国公共卫生

2017年33卷4期

607-610页

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