2021年宁夏2株人鼻病毒A49全基因组基因特征分析
Genetic characteristics of two of human rhinovirus A49 detected in Ningxia Hui Autonomous Region in 2021:a whole-genome analysis
摘要目的 分析2021年宁夏回族自治区银川市人鼻病毒(HRV)A49全基因组序列的遗传特征及变异.方法 2021年1月1日—2021年12月31日对宁夏回族自治区银川市2家流感监测哨点医院收集的2份HRV核酸检测阳性且符合流感样诊断标准的呼吸道感染性疾病患者鼻咽拭子样本进行全基因组测序.在GenBank数据库下载参考序列,使用Mafft软件进行序列比对、MEGA11软件构建亲缘关系进化树,Beast1.10.4软件构建贝叶斯进化树.使用DNAStar软件分析序列的核苷酸(氨基酸)同源性及变异.结果 获得2株HRV全基因组序列均属于HRV A49型.株间核苷酸(氨基酸)同源性为96.9%(99.5%).719株是HRV单一感染株,感染者为2岁女童,序列全长7 103 bp,CG的含量为38.97%,与源自2021年美国OL961540株亲缘关系最近,核苷酸同源性为99.1%,氨基酸同源性最高的是OL133734、OK254862、MZ629143,为99.8%.847株是HRV和副流感病毒Ⅲ型合并感染株,感染者为3岁女童,序列全长7 038 bp,CG的含量为39.61%,与源自我国2017年MW587079株亲缘关系最近,核苷酸(氨基酸)同源性为98.2%(99.5%).氨基酸变异分析表明,与标准株相比719株存在69个氨基酸位点突变,847株存在66个氨基酸位点突变.719株与氨基酸同源性最高的参考序列OL133734、OK254862、MZ629143相比共发生5个位点突变,847株与OL133734、OK254862、MZ629143、MW587079相比共发生6个位点突变.结论 本研究2株HRV属于A49血清型,VP1、3C、3D编码蛋白区变异较大.
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