换一批颈椎后纵韧带骨化症肥胖相关基因的筛选及鉴定
Screening and identification of obesity-related genes in cervical ossification of posterior longitudinal ligament
摘要目的:探索颈椎后纵韧带骨化症(OPLL)肥胖相关基因及其功能特征.方法:从高通量基因表达(GEO)数据库中下载颈椎OPLL相关的转录组数据集GSE69787,与Gene数据库中肥胖相关基因进行筛选,获得颈椎OPLL肥胖相关差异表达基因(DEGs).使用DAVID软件和R软件对肥胖相关DEGs进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,应用Cytoscape软件将数据可视化,并通过cytoHubba工具包计算得到中心基因.采用实时定量PCR(qRT-PCR)检测中心基因在颈椎后纵韧带组织中的表达水平.结果:通过GSE69787数据集与肥胖相关基因筛选得到24个颈椎OPLL肥胖相关DEGs,构建并计算这24个肥胖相关DEGs的蛋白质相互作用网络,最终筛选出10个中心基因.GO/KEGG富集分析结果显示这10个肥胖相关DEGs主要富集于蛋白激酶B信号通路及其调控、骨化、炎症反应调控、骨矿化及PI3K-Akt信号通路、MAPK信号通路等生物学过程和生物信号通路.最后通过qRT-PCR验证发现LEP、IGF2、IL18、BMP2和LOX在颈椎OPLL组韧带组织中高表达(P均＜0.05),MMP9、PTGS2在颈椎OPLL 组韧带组织中低表达.结论:LEP、IGF2、IL18、BMP2、LOX、MMP9、PTGS2是颈椎 OPLL 患者与肥胖相关的基因,其异常表达可能与颈椎OPLL的发生、发展相关,并可能为合并肥胖的颈椎OPLL患者的诊断和治疗提供新的思路.
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栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.2095-9958.2024.01.04
发布时间
2024-03-28（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
黑龙江省博士后面上项目（LBH-Z22227）
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