多位点分型技术应用于浙江省脑膜炎奈瑟菌基因分型研究
Application of Multilocus Sequence Typing on the Genotyping of the Neisseria meningitidis Isolates in Zhejiang Province
摘要目的 对浙江省2004~2013年分离的54株脑膜炎奈瑟菌(Neisseria meningitidis,Nm)进行基因分型研究,了解菌株间的遗传进化关系.方法 参照细菌分子分型和基因组差异公共数据库(Pubmlst)提供的引物与方法,获得多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)序列型(SequenceType,ST).采用进化分析软件(Splitstree)4、聚类分析软件(eBURST) V3等处理所得序列数据,并构建遗传进化图谱.结果 54株Nm得到21个STs,其中11个STs为新发现,主要序列型ST-7和ST-4821分别占29.63%和27.78%.不同血清群其STs/ST-克隆群(Complex)有明显不同,A群菌株78.95%(15/19)为ST-7/ST-5 Complex (15/19);B群菌株STs分散,57.14% (8/14)呈单体存在;C群菌株82.35%(14/17)为ST-4821/ST-4821 Complex.不同来源分离株其ST-Complex不同,来自病人及密切接触者分离株ST-5Complex分别占48.15% (13/27)及33.33%(4/12)、ST-4821 Complex分别占40.74% (11/27)及25.00%(3/12),而来自健康带菌者分离株ST-4821 Complex克隆群占40.00% (6/15).7个管家基因的核苷酸多态性(Pi)范围为0.01298(adk)~0.11100(aroE).Splitstree 4构建径向系统进化树显示,浙江省Nm菌株分属5个分枝,主要序列型ST-7及ST4821分别分布于3分枝及2分枝中,4分枝中均为浙江省STs.eBURST V3聚类分析发现,浙江省STs/ST-5Complex基因型相对稳定,但浙江省STs/ST-4821 Complex基因型已具遗传多样性变化.结论 浙江省Nm以A群78.95%(15/19)ST-7/ST-5Complex和C群82.35%(14/17)ST-4821/ST-4821 Complex两大克隆群占绝对优势,B群57.14%(8/14)呈单体分散.浙江省A、B、C群均存在ST-4821 Complex相同基因型菌株,可能不同血清群之间已产生荚膜转换,其种群间已显示基因重组进化特征,这是中国首次从A群Nm中检出ST-4821/ST-4821 Complex及ST-5798/ST-4821 Complex菌株.
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