头颈部鳞癌中TP53和NOTCH1基因的共表达网络及功能分析

Co-expression network and function analysis of TP53 and NOTCH1 in head and neck squamous cell carcinoma

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摘要目的探索TP53和NOTCH1基因在头颈部鳞癌中的表达关系及其作用.方法选取TCGA数据库中的279例头颈部鳞癌二代测序样本,获得头颈部鳞癌中差异表达基因数据.利用Pearson和Spearman方法检测TP53基因和NOTCH1基因的共表达关系.刚用cbioportal筛选样本中与TP53和NOTCH1发生共表达的基因.利用String数据库,建立TP53-NOTCH1共表达网络.利用KEGG数据库分析共表达网络基因的富集通路.利用DAVID数据库分析共表达网络功能.结果在TCGA数据库的头颈部鳞癌样本中,TP53和NOTCH1发生共表达.String数据库显示TP53和NOTCH1共有182对共表达基因的蛋白质互相作用对(Pearson分数=0.45;Spearman分数=0.41).KEGG分析显示这些共表达基因被富集在T cell receptor signaling pathway,cell cycle 和cell adhesion molecules等通路中(Pearson分数和Spearman分数均＞0.3).功能分析结果显示这些共表达基因的功能主要为免疫应答、转录调控、能量代谢、细胞周期调控和细胞凋亡调控等相关功能(P＜0.05).结论 TP53和NOTCH1在头颈部鳞癌中发生共表达;通过建立TP53-NOTCH1共表达网络和生物信息学分析,挖掘出二者在头颈部鳞癌中发挥的协同作用及其通路;上述结果能够为头颈部鳞状细胞癌的分子机制研究提供新的参考.