卵巢癌组织长链非编码RNA PVT1表达及其靶基因生物信息学预测研究
Expression of long non-coding RNA PVT1 and bioinformatics prediction of its target gene in ovarian cancer
摘要目的 检测长链非编码RNA浆细胞瘤多样异位基因1(lncRNA PVT1)在卵巢癌组织中的表达并预测其靶基因,进而对靶基因进行生物信息学分析.方法 收集2019年6月至2019年12月于我院行手术治疗的125例卵巢癌患者的癌组织及其切缘正常组织.RT-PCR检测癌组织及其切缘正常组织lncRNA PVT1的表达;比较不同临床病理特征患者卵巢癌组织lncRNA PVT1表达;应用在线工具Annolnc2数据库、GEPIA2数据库、UALCAN数据库分别筛选出lncRNA PVT1靶基因取交集;采用DAVID数据库对筛选出的lncRNA PVT1靶基因进行GO功能和KEGG通路富集分析.结果 与切缘正常组织相比,癌组织中lncRNA PVT1相对表达水平升高(P<0.05);TNM分期Ⅲ~Ⅳ期、低/未分化程度的卵巢癌患者癌组织中lncRNA PVT1的相对表达水平分别高于TNM分期Ⅰ~Ⅱ期、中/高分化程度的卵巢癌患者(P<0.05);lncRNA PVT1的靶基因有44个,GO功能分析发现靶基因功能主要富集于细胞周期调控、RNA聚合酶Ⅱ启动子的转录调控、转录因子活性、赖氨酰氧化酶活性、细胞外基质、细胞质等;KEGG通路分析显示其参与的通路主要富集于癌症相关信号通路、转化生长因子-β(TGF-β)信号通路、细胞外基质受体的相互作用、环磷酸鸟苷酸(cGMP)-蛋白激酶G(PKG)信号通路、磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)-蛋白激酶B(AKT)信号通路等.结论 lncRNA PVT1在卵巢癌组织中表达上调,其靶基因富集于细胞组分、分子功能和生物调节等多个生物学过程及TGF-β、cGMP-PKG等肿瘤相关信号通路上,lncRNA PVT1通过调控靶基因的表达在卵巢癌中发挥作用.
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