换一批天津地区人偏肺病毒G蛋白特性分析
Analysis of the characteristics of human metapneumovirus G protein in Tianjin, China
摘要目的 了解天津地区人偏肺病毒(hMPV)G蛋白特性,为深入研究(hMPV)奠定基础.方法 采用RT-PCR方法扩增hMPV的G基因片段,测序后通过生物信息学软件分析核苷酸同源性,绘制种系发生树,并对推导的G蛋白氨基酸序列的糖基化位点、跨膜序列及二级结构进行预测.结果 天津地区hMPV G蛋白由217～238个氨基酸组成.种系发生树分析显示,hMPV可分为A2a、A2b和B2 3个亚型,A2b为优势流行型.A2亚型内的核苷酸同源性在90.1%～99.5%,推导的氨基酸同源性在80.4%～99.1%;A、B亚型之间核苷酸同源性为57.4%～60.3%,推导的氨基酸同源性为30.3%～37.1%.hMPV G蛋白的S和T总含量在30.9%～34.0%之间,A和B型间差异无统计学意义(P>0.05).N-糖基化位点在2～6之间.10株A2亚型hMPV G蛋白的跨膜区为N-端33～55位氨基酸,1株B2亚型hMPV G蛋白为N-端27～49位氨基酸.G蛋白氨基酸变异多发生在膜外区.二级结构预测显示,柔性结构占G蛋白氨基酸总数的62.7%～84.1%,其中以无规则卷曲为主,占60.8%～84.1%.该区域也多集中在膜外区,成为抗原表位的可能性较大.结论 天津地区hMPV的优势流行型为A2b,其G蛋白特性有地区流行特点.
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