HIV-1gp41蛋白的主要特性及B/T细胞表位预测

Characteristics and prediction of B-and T-cell epitopes of the gp41 protein of HIV-1

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摘要目的采用生物信息学方法分析HIV-1 gp41跨膜糖蛋白的基因序列及其编码蛋白的结构特征,并预测可能的B/T细胞表位,为艾滋病疫苗及多肽药物开发提供理论依据. 方法从NCBI GenBank数据库获取gp41基因及其编码蛋白序列,综合运用ExPASy ProtParam tool、SOPMA、TMpred、Motif scan、ABCpred、Bepipred、CTLPred和IEDB等在线软件分别预测其低级结构、跨膜区、翻译后修饰位点、B/T细胞表位. 结果 HIV-1 gp41基因ORF长度为666bp,编码222个氨基酸.该gp41蛋白共3 627个原子,相对分子质量为25.642 5×103,分子式为C1164 H1815 N317O325S6.理论等电点为8.60,是稳定的疏水性蛋白.gp41蛋白具有无规则卷曲55个,占24.77％;13个翻译后修饰位点,存在N-糖基化、酪蛋白激酶Ⅱ磷酸化、N-酰胺化、蛋白激酶C磷酸化等修饰.gp41蛋白N-末端存在跨膜螺旋区,分别位于第2-20,80-97和171-192位氨基酸处,这3个螺旋区的总评分为4 614.预测gp41蛋白含有23个B细胞抗原表位,优势表位依次是87-102、93-108、113-128、78-93、151-166等;含有NKTYKEIWD、VERYLRDQR和EPDRPERIE 3个优势CTL细胞表位,分别位于第103-111、70-78、213-221位氨基酸处. 结论预测gp41蛋白的B/T细胞表位进行预测,可为艾滋病疫苗及多肽药物的开发提供了理论依据.