摘要目的 了解四川部分地区断奶前奶牛犊隐孢子虫感染情况及其分子特征. 方法 2016年6月至2017年3月在四川省10个地区的11个奶牛场(规模化养殖7个,散养4个)采集1月龄内断奶前牛犊的新鲜粪样.采用改良饱和蔗糖溶液漂浮法处理粪样,提取粪样DNA,巢式PCR扩增隐孢子虫小亚基核糖体核苷酸(SSU rRNA)基因,以扩增阳性数计算隐孢子虫感染率,分析不同养殖模式感染率差异.感染率间的比较采用卡方检验.SSU rRNA基因测序后提交GenBank中进行BLAST比对,鉴定扩增序列所属的虫种,采用MEGA 7邻接法构建基于SSU rRNA基因的系统发育树.对SSU rRNA序列比对确定为微小隐孢子虫的样品,扩增相对分子质量(Mt)为60 000的糖蛋白基因(gp60),鉴定基因亚型. 结果 共调查牛犊278头,采集粪样278份.SSU rRNA基因检测隐孢子虫阳性40份,总感染率为14.4％.11个养殖场中10个存在隐孢子虫感染,其中感染率最高为绵阳1场,为35.7％ (10/28),其次为阿坝(35％,7/20)和资阳(30.8％,8/26),最低为眉山(0).10个检测阳性的养殖场牛犊的感染率差异有统计学意义(P＜ 0.05).规模化和散养养殖场的牛犊感染率分别为17.4％ (34/195)和7.2％(6/83) (P＜ 0.05).隐孢子虫感染阳性的共40头牛犊中,感染牛隐孢子虫、微小隐孢子虫、瑞氏隐孢子虫分别为28、7、5头.40条隐孢子虫序列剔除相同的序列后共获得10条序列(ABC881、AYC6953、AYC6969、CDC16111、CDC16117、DYC014、MYC116、MYC 117、MYC 126、ZYC6874,GenBank登录号:MF671870至MF671879).序列比对结果显示,AYC6953、AYC6969、CDC16117、ZYC6874序列与牛隐孢子虫(JX515546)一致性均为99％;DYC014序列与瑞氏隐孢子虫(HQ179574)一致性为99％;MYC126与牛隐孢子虫(JX416366)一致性为99％;ABC881与微小隐孢子虫(AH006572),CDC 16111与瑞氏隐孢子虫(HQ179574),MYC116与牛隐孢子虫(HQ179573),MYC117与牛隐孢子虫(MH166335)的一致性均为100％,在系统进化树上显示为同一分支.7份鉴定为微小隐孢子虫样品的gp60基因亚型分析结果均为ⅡdA15G1,与已报道的宁夏分离株(KM067092)一致性为100％结论 四川省部分地区断奶前牛犊存在隐孢子虫感染,感染虫种为牛隐孢子虫、微小隐孢子虫、瑞氏隐孢子虫.