换一批头颈部鳞状细胞癌巨噬细胞关键基因的筛选分析
Screening and analysis of key genes in macrophages of head and neck squamous cell carcinoma
摘要目的 应用生物信息学的方法分析筛选头颈部鳞状细胞癌(HNSCC)巨噬细胞中的潜在关键基因,为HNSCC的预后提供靶点.方法 基于在线数据库,利用一致流形近似与投影(UMAP)降维,捕获巨噬细胞群;进一步通过t-分布随机近邻嵌入(tSNE)聚类降维分析肿瘤组织与正常组织细胞群分布的变化并筛选差异基因的表达;运用Monocle包对关键风险基因在不同发育阶段细胞中的表达情况进行分析;利用Kaplan-Meier Plotter在线数据平台分析生存曲线;运用空间转录组技术验证关键基因在组织中的表达映射;多色荧光免疫组化进行临床样本的验证.结果 捕获得到7个巨噬细胞亚群,其中第1亚群仅存在于肿瘤组织中且分泌型磷蛋白1(SPP1)基因高富集.SPP1高表达趋向巨噬细胞M2型极化并处于细胞分化的终末阶段.SPP1+巨噬细胞糖酵解、缺氧、上皮间质化、血管生成等功能活跃,与HNSCC患者的预后呈负相关.结论 SPP1可能成为HNSCC中有价值的预后生物标志物.
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分类号
R739.91（其他部位肿瘤）
栏目名称
DOI
10.13418/j.issn.1001-165x.2024.2.10
发布时间
2024-05-14（万方平台首次上网日期，不代表论文的发表时间）
基金项目
国家自然科学基金（No.82073165）
广东省医学科学技术研究基金项目（No.A2023124）
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