基于生物信息学探索系统性硬化病相关肺动脉高压免疫相关基因及免疫细胞浸润分析

Identification of key immune-related genes and immune cells infiltration in systemic sclerosis-related pulmonary arterial hypertension based on bioinfor-matics analysis

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摘要目的:通过生物信息学分析鉴定系统性硬化病相关肺动脉高压(SSc-PAH)免疫相关基因(IRGs),并深入探讨免疫细胞浸润在SSc-PAH中的作用.方法:从GEO数据库下载数据集GSE22356,使用R软件对其进行差异表达基因(DEGs)分析.通过ImmPort数据库下载人类免疫基因数据集,与DEGs取交集得到差异免疫相关基因(DEIRGs),对DEIRGs进行GO和KEGG富集分析.通过Cytoscape软件构建DEIRGs的蛋白互作(PPI)网络,根据Degree值筛选枢纽免疫基因.CIBERSORT算法评估SSc和SSc-PAH患者血液组织免疫细胞浸润.对枢纽免疫基因与浸润性免疫细胞进行相关性分析.结果:共得到56个DEIRGs.功能富集表明DEIRGs在信号转导、免疫应答、趋化作用中具有重要意义.根据PPI网络及Degree值得到枢纽免疫基因FCGR3B、CD28、LYN、LCK.免疫细胞浸润结果显示,与SSc相比,SSc-PAH患者血液组织中单核细胞、嗜中性粒细胞比例升高,而初始CD4 T细胞、未活化的CD4记忆性T细胞、γδ T细胞比例降低.相关性分析结果显示,CD28、LCK与γδ T细胞呈正相关,与单核细胞呈负相关.FCGR3B与中性粒细胞呈正相关,与初始CD4 T细胞呈负相关,LYN与单核细胞呈正相关,与γδ T细胞呈负相关.结论:枢纽免疫基因和免疫细胞浸润差异在SSc-PAH发生发展中起重要作用.