东莞市2014年手足口病病原检测与基因特征分析

Etiology detection and gene characterization analysis of hand-foot-mouth disease in Dongguan in 2014

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摘要目的对东莞市2014年手足口病(HFMD)疑似病例样本进行病原学检测,并对引起HFMD的肠道病毒71型(EV71)和柯萨奇病毒A16型(CA16)进行基因特征分析,为东莞市HFMD的防控提供基础资料.方法采用Real time RT-PCR(实时荧光PCR)方法对HFMD疑似病例样本进行检测,核酸阳性样本上送广东省疾病预防控制中心,进行病毒分离及鉴定,基因扩增并测定VP1基因序列.从GenBank中选取EV71和CA16不同基因型参考毒株,利用DNA-STAR软件进行核苷酸、氨基酸序列分析和同源性比较,并用Mega4.0.2软件构建亲缘性进化树.结果共检测HFMD疑似病例样本693份,核酸阳性结果614份,总阳性率为88.60％.其中EV71阳性结果241份,占39.25％,CA16阳性194份,占31.60％,其他肠道病毒(EV)179份,占29.15％.共获得11株EV71分离株和8株CA16分离株的VP1基因全长序列.11株EV71分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为94.3％～100.0％和98.3％～100.0％,8株CA16分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为89.9％～100.0％和99.3％～100.0％.系统进化树分析显示,1 1株EV71全部属于C4a基因亚型;8株CA16分离株中有6株属于B1b基因亚型,2株属于B1a基因亚型.结论 2014年引起东莞市HFMD的EV71型病毒流行株为C4a基因亚型,CA16型病毒流行株B1a和B1b亚型并存,并兼有一定比例的其他肠道病毒.