非标记定量方法研究糖尿病患者血清差异蛋白
Research on differentially expressed serum proteins in diabetic patients by label-free quantification proteomics
摘要目的 应用非标记定量技术研究糖尿病患者血清中差异表达蛋白,筛选特异性蛋白质标志物.方法 收集2023年深圳市糖尿病患者和健康对照者的血清各3例,应用免疫亲和层析和纳升液相色谱-四极杆-静电场轨道-线性离子阱三合一质谱法,利用分级(fraction,FC)和不分级(no fraction,NF)2种方法对糖尿病患者和健康对照者的血清蛋白质组进行非标记定量分析,质谱数据经MaxQuant1.6.1.0进行检索,对分级方法鉴定的差异蛋白质进行GO(gene oncology)功能聚类分析和KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路分析.结果 未分级方法鉴定可信蛋白251种,筛选差异蛋白17种;分级方法鉴定可信蛋白494种,筛选差异蛋白74种.其中7种蛋白在2种方法中变化趋势完全一致.有5种蛋白下调,分别是妊娠区带蛋白(pregnancy zone protein,PZP)、碳酸酐酶1(carbonic anhydrase 1,CAH1)、甘露糖结合蛋白 C(mannoee-binding protein C,MBL2)、纤维蛋白原a链(fibrinogen alpha chain,FIBA)和触珠蛋白(haptoglobin,HPT);2种蛋白上调,分别是脂蛋白a[apolipoprotein(a),LPA]和补体因子H相关蛋白4(complementfac-tor H-relatedprotein4,CFH4).GO分析显示差异蛋白的分子功能主要集中在糖胺聚糖结合、肝素结合等过程.KEGG通路分析显示差异蛋白主要集中在补体和级联凝血、细胞黏附、PI3K-Akt信号通路等通路上.结论 基于分级的非标记定量蛋白质组学分析技术可有效分析糖尿病患者血清蛋白的差异表达,为筛选大规模队列疾病血清样本的特异性蛋白质标志物提供了有效技术手段.
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