食源性沙门菌耐药特征及全基因组测序分析

Antimicrobial resistance characteristics and whole genome sequencing analysis of foodborne Salmonella

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摘要目的了解江苏省常州市食源性沙门菌的血清型分布情况、耐药特征及其进化关系,为食源性沙门菌的有效防控提供科学依据.方法对2021-2023年常州市食源性疾病监测哨点医院腹泻患者粪便标本中分离的117株沙门菌进行血清型鉴定、药物敏感性试验及全基因组测序,使用综合抗生素耐药性数据库(Comprehensive Antibiotic Re-sistance Database,CARD)对耐药基因进行注释和分析,使用PubMLST数据库进行多位点序列分型,通过软件GraphPad Pism 9.5绘制耐药基因热图,使用软件Figtree v1.4.4绘制系统发育树.结果 117株沙门菌共鉴定出21种血清型,优势血清型为鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌.耐药结果显示对氨苄西林(77.78%)的耐药率最高,其次为四环素(58.97%)、氨苄西林/舒巴坦(55.55%)、萘啶酸(51.28%),耐药率均超过50.00%,最主要的耐药谱型为CT-AMP-AMS-NAL.基于全基因组测序数据分析得到61种耐药基因,其中包括氨基糖苷类、β-内酰胺类、四环素类、磺胺类、喹诺酮类等耐药基因.多位点序列测定分型(multilocus sequence typing,MLST)共分析得出23种ST型,主要型别为ST34和ST11,系统发育进化树显示大多数相同血清型的沙门菌同源性较高.结论常州市食源性沙门菌的主要血清型为鼠伤寒沙门菌,以ST34为主,菌株携带多种类型的耐药基因,存在多重耐药现象,在今后的防控工作中需引起重视.全基因组测序技术的应用能够更好地监测沙门菌耐药趋势.