换一批
换一批用生物信息学方法预测2型猪链球菌98HAH33细胞壁结合蛋白
Putative cell wall-binding proteins of Streptococcus suis serotype 2 isolate 98HAH33 identified by bioinformatic genome analysis
摘要目的 为预测已公布基因组序列的2型猪链球菌(SS2)98HAH33株的细胞壁结合蛋白,以研究它们在SS2致病过程中的作用.方法 首先从GenBank获取由SS2 8HAH33基因组推测蛋白质氨基酸序列, 然后根据分选酶底物的结构特征,采用"三部分模式"法鉴别分选酶底物;采用手动方法寻找在具有I型信号肽的蛋白质中具有LysM域、WxL域、胆碱结合域、GW域或S层同源域的蛋白质;利用InterProScan和BlastP服务器,对鉴定的蛋白质进行功能分析.结果 共预测出9种分选酶底物,2种具有LysM域的蛋白. YP_001201232、YP_001201531和YP_001201656等3种已证实位于SS2菌体表面;其中YP_001201232为已知毒力因子OSF.另外4种蛋白质的功能分析表明,YP_001201484为糖苷酶,YP_001201544为枯草杆菌素样丝氨酸酶,YP_001199825和YP_001199755可能结合H因子,可能为新的毒力因子. YP_001200959、和YP_001201233 等2种功能未知.结论 提示SS2的多数分选酶底物可能为SS2的毒力因子,与致病过程相关.
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关键词
细胞壁结合蛋白猪链球菌2型生物信息学毒力因子cell wall-binding proteinStreptococcus suis type 2bioinformaticsvirulence factors
分类号
R378
栏目名称
DOI
10.3969/j.issn.1002-2694.2010.01.018
发布时间
2010-03-26
基金项目
河南科技大学人才科研基金（05-10）；
河南科技大校科学研究基金（2006ZY042）
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