基于 RNA-Seq 的羊种布鲁氏菌新转录本与非编码 RNA 鉴定

Identification of novel transcripts and sRNA of Brucella melitensis by RNA-Seq

二维码有效期 120s

摘要目的：对羊种布鲁氏菌的转录本进行测序，鉴定基因组中新的转录本和非编码RN A。方法提取羊布鲁氏菌的总RNA ，去除rRNA后连接接头逆转录成cDNA ，PCR扩增后进行测序，以羊布鲁氏菌16M的基因组序列为参照对测序得到的reads进行比对作图，通过生物信息学方法进行新转录本和非编码RN A的鉴定。结果测序数据分析显示，reads在基因组上覆盖度较好。与现有注释基因相比，有773个基因的5′或3′端在基因组的原有位置基础上发生了延伸，并发现了16个新的转录本。根据测序结果，共鉴定出241条候选的非编码RNA （sRNA ），进一步的RT‐PCR验证结果显示，预测的sRNA在体外条件下有表达。结论布鲁氏菌基因组中存在除了预测以外的新的转录本，布鲁氏菌中存在非编码RN A且在不同条件下有差异表达。

作者郭英飞 ^[1] 王玉飞 ^[2] 龚春丽 ^[3] 杨明娟 ^[3] 袁久云 ^[3] 庄妤冰 ^[3] 柯跃华 ^[3] 杜昕颖 ^[3] 汪舟佳 ^[3] 陈泽良 ^[3] 学术成果认领

作者单位军事医学科学院疾病预防控制所，北京 100071; 空军司令部门诊部，北京 100843 ^[1] 武警总医院检验科,北京,100069 ^[2] 军事医学科学院疾病预防控制所,北京,100071 ^[3]

关键词布鲁氏菌 RNA-Seq 转录组 sRNA Brucella melitensis RNA-Seq transcriptome sRNA

主题词基因组(Genome)转录组(Transcriptome)方法(Methods)基因(Genes)预测(Forecasting)

分类号 R378.5

栏目名称 论著

DOI 10.3969/cjz.j.issn.1002-2694.2015.03.006

发布时间 2015-04-15

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